La sécurité du paiement repose  sur l'utilisation du protocole SSL (Secure Socket Layer: Norme internationale permettant de procéder à des transferts de données chiffrées sur Internet) . Le numéro de carte est ainsi chiffré, entre le navigateur et le serveur Mercanet. Ce dernier est le seul destinataire des informations carte ; le commerçant n'a pas connaissance des données cartes de ses clients internautes.

La sécurité des transactions est entièrement assurée par Mercanet, en relation avec l'internaute, le commerçant et le monde bancaire.